Chương trình đào tạo ngành Dược liệu và Hợp chất thiên nhiên được xây dựng nhằm trang bị cho sinh viên kiến thức về thực vật dược, hóa học hợp chất thiên nhiên, công nghệ chiết xuất, kiểm nghiệm chất lượng và phát triển các sản phẩm từ nguồn nguyên liệu tự nhiên. Bên cạnh kiến thức chuyên môn, sinh viên còn được rèn luyện kỹ năng nghiên cứu, thực hành phòng thí nghiệm, phân tích hoạt chất và ứng dụng công nghệ hiện đại trong lĩnh vực dược liệu.
Thông thường, chương trình đào tạo kéo dài 4 năm (8 học kỳ) với khoảng 120–140 tín chỉ, tùy theo quy định của từng trường đại học.