Chương trình đào tạo ngành Xây dựng công trình thủy được thiết kế nhằm trang bị cho sinh viên kiến thức về khảo sát, thiết kế, thi công, quản lý và vận hành các công trình thủy lợi, thủy điện, cảng biển, đê điều, hồ chứa và các công trình bảo vệ bờ. Bên cạnh nền tảng kỹ thuật xây dựng, sinh viên còn được học về thủy lực, thủy văn, địa kỹ thuật, vật liệu xây dựng và ứng dụng công nghệ trong thiết kế công trình.
Thời gian đào tạo thường kéo dài 4,5–5 năm với khoảng 150–170 tín chỉ, tùy theo chương trình của từng trường đại học.