Chương trình đào tạo ngành Bệnh học thủy sản được xây dựng nhằm trang bị cho sinh viên kiến thức về sinh học và sinh lý động vật thủy sản, vi sinh vật, ký sinh trùng, bệnh lý, chẩn đoán, phòng và trị bệnh, quản lý sức khỏe thủy sản và quản lý dịch bệnh. Bên cạnh kiến thức chuyên môn, sinh viên được rèn luyện kỹ năng xét nghiệm, lấy mẫu, phân tích bệnh, quản lý môi trường nuôi và ứng dụng công nghệ trong theo dõi sức khỏe tôm, cá. Chương trình hiện nay cũng bắt đầu chú trọng đến phân tích dữ liệu và ứng dụng AI trong quản lý sức khỏe động vật thủy sản.
Tùy từng trường, chương trình có thể kéo dài khoảng 4–4,5 năm. Ví dụ, chương trình của Đại học Nông Lâm – Đại học Huế được công bố với thời gian đào tạo 4,5 năm và 157 tín chỉ, trong khi chương trình của Đại học Cần Thơ cũng đào tạo 4,5 năm và cấp bằng Kỹ sư.