Chương trình đào tạo ngành Quản lý hoạt động bay được xây dựng nhằm trang bị cho sinh viên kiến thức về điều hành bay, quản lý không lưu, khai thác vùng trời, an toàn hàng không, khí tượng hàng không và các quy trình bảo đảm hoạt động bay theo tiêu chuẩn quốc tế. Bên cạnh kiến thức chuyên môn, sinh viên còn được rèn luyện kỹ năng giao tiếp bằng tiếng Anh hàng không, xử lý tình huống khẩn cấp, sử dụng hệ thống điều hành bay và làm việc trong môi trường áp lực cao.
Thời gian đào tạo thường kéo dài 4–4,5 năm với khoảng 130–150 tín chỉ, tùy theo chương trình đào tạo của từng cơ sở giáo dục.