Chương trình đào tạo ngành Kỹ thuật môi trường được xây dựng nhằm trang bị cho sinh viên kiến thức về khoa học môi trường, kỹ thuật xử lý nước và nước thải, xử lý khí thải, quản lý chất thải rắn, quan trắc môi trường và kiểm soát ô nhiễm. Bên cạnh kiến thức chuyên môn, sinh viên còn được rèn luyện kỹ năng thiết kế, vận hành hệ thống xử lý môi trường, phân tích dữ liệu, đánh giá tác động môi trường và ứng dụng công nghệ vào bảo vệ môi trường.
Thông thường, chương trình đào tạo kéo dài 4–4,5 năm với khoảng 120–150 tín chỉ, tùy theo chương trình của từng trường đại học.