Chương trình đào tạo ngành Y học cổ truyền được xây dựng nhằm đào tạo bác sĩ Y học cổ truyền có kiến thức chuyên sâu về y học hiện đại kết hợp với y học cổ truyền trong khám bệnh, chữa bệnh, phòng bệnh và phục hồi chức năng. Sinh viên được học lý thuyết, thực hành tại phòng thí nghiệm, thực tập tiền lâm sàng và thực tập lâm sàng tại các bệnh viện, cơ sở y tế.
Thông thường, chương trình đào tạo kéo dài 6 năm với khoảng 180–200 tín chỉ, tùy theo quy định của từng trường đại học.